2000년대는 <연세대학교 출판부>에서 <연세대학교 대학출판문화원>으로 체제가 개편된 시기였다. 2003년에 출판영업과 출판 · 편집 · 제작 전문인을 새로 영입해 영업마케팅에 2명과 편집제작에 3명의 인원을 두어 업무를 전담시켜 직원의 전문성을 확보했다. 또한 2004년 3월 <진리자유편집실>을 통합해 <연세대학교 출판부>를 <연세대학교 대학출판문화원>으로 개편하였으며, 그간 출판부장이 출판부 업무의 전 책임을 맡고 있던것을 교학부총장이 대학출판문화원장을 겸임하게 되었다.

연세대학교 학풍 진작과 대중화를 위한 노력은 2000년대에도 지속되어 2005년에는 『단계 이규호 전집』(전9권)과 연세대 학교 120주년 기념 저작물인 『연세의 발전과 한국사회』가 발간되었다. 2000년대도 <연세대학교 대학출판문화원>은 수준 높은 학술저서를 발간하여 2004년부터 2015년까지 매년 빠짐없이 문화체육관광부 · 대한민국학술원의 우수도서로 선정됐다. 학술교양저서의 대중화 및 해외진출도 앞장서 2005년에 아마존(Amazon.com)과 직접 거래를 대학출판부 최초로 시작했으며, 2006년에는 선도적으로 교보문고를 통해 300여종의 학술교양서를 전자책(e-book)으로 보급했다. 그해 7월 중국 <북경세계출판공사>와 저작권 계약 체결로 한국어 교재의 해외저작권을 최초로 수출하였다.

2006년에 <진리자유편집실>이 홍보부로 이관되면서 <대학출판문화원>의 조직에도 변화가 필요했다. 또한 교학부총장의 <대학출판문화원> 원장겸임이 <대학출판문화원> 운영에 있어 즉각적 대응과 전략마련에 어려움이 있다고 판단하여 원장을 일반교수로 전환하기로 결정하였다.