1990년의 <연세대학교 출판부>는 보다 전문적인 출판을 위해서 출판위원회를 개편하고 한국어 교재, 종교서적을 중점적으로 발간하면서 그 특성을 강화했다. 한국어 교재는 1959년 한국어학당이 한국어교육과 성경공부를 병행하는 방식의 교육을 주목적으로 발간해 왔다. 이후 한국어학당이 대규모 조직으로 확대 개편되고, 1997년 LA로 진출하면서 <연세대학교 한국어학당>의 발전을 뒷받침할 수 있도록 <연세대학교 출판부>는 한국어 교재 출간에 주력했다.

종교서적도 기독교학교인 연세대학교의 특성을 반영한 것이었다. 특히 『한국종교사상사』는 총 5권으로 기독교, 불교, 증산교, 무교 등 각 종교의 역사, 발생내력, 사회적 역할 등을 서술하고 불교·도교·원불교 등의 경전 원전을 한글로 해석하여 독자들의 이해를 도왔다. 1994년과 1995년에는 교내 학풍의 정립과 보급을 위해 『홍이섭 전집』(전6권)에 이어 『백낙준 전집』(전10권)을 발간했다.

이 시기 출판부는 IMF외환위기 등 급변하는 시대상황에도 불구하고 양적 · 질적으로 성장했다. 출판부는 한국어학당의 확장 및 해외진출에 더해 한국어 강의를 위한 교재들을 출판했고, 종교서적 발간에 힘써 <연세대학교 출판부>의 특성을 만들어갔다. 또 연세대학교 100년사 편찬 및 연세대학교의 학풍을 수립한 정인보 · 김윤경 · 백낙준 선생의 전집을 출판함으로써 이들의 사상을 연구하는 후대의 연구자들에게 기초 자료를 제공했고 연세대학교의 역사를 거시적, 사상적으로 정리하는데 기여했다.